Waffentechniken im Ninjutsu sind die Fortsetzung der unbewaffneten Techniken, jedoch ohne die Grundkenntnisse der unbewaffneten Techniken sollte niemand versuchen, die Waffentechniken zu verstehen.
Größtes Problem beim Ausführen derselben ist oft der Denkprozeß des Ausübenden, statt vom natürlichen Bewegungsapparat auszugehen und die Extremitäten natürlich zu führen (ein Schlag mit einem Tokubo von außen ist schließlich nichts anderes als eine Ohrfeige oder Handkante), neigen die Schüler oft dazu, unbequeme Haltungen und Stellungen einzunehmen, denn "es ist ja jetzt etwas vollkommen anderes". Wahlspruch ist also: "Erst lerne stehen, dann lerne gehen".

Zum Einsatz kommen in höheren Graduierungen (ab 8. Kyu) Tokubo, Hanbo, Bo, Tonfa, Tanto, Tessen, Jutte, Toami,Tenugi, Kama und Sai, Nunchaku aus rechtlichen Gründen in der (erlaubten) Soft-Version.

Grundlage für die im Training praktizierten Techniken ist unter anderem folgende sehr empfehlenswerte Fachliteratur :

• Bo: Karate Weapon of Self-Defense; Fumio Demura; ISBN 0-897-50019-9
• Sai: Karate Weapon of Self-Defense; Fumio Demura; ISBN 0-89750-010-5
• Nunchaku: Karate, Weapon of Self-Defense; Fumio Demura; ISBN 0-89750-006-7
• Advanced Nunchaku; Demura and Ivan; ISBN 0-89750-021-0
• Tonfa: Karate, Weapon of Self-Defense; Fumio Demura; ISBN 0-89750-080-6
• Advanced Tonfa: Japanese Weapon of Self-Defense; Yamashita; ISBN 0-89750-117-9
• Small Circle Jujitsu; Wally Jay; ISBN 0-89750-122-5
• Samurai Aikijutsu; Toshishiro Obata; ISBN 0-946062-22-6
• Crimson Steel ; Toshishiro Obata; ISBN 0-946062-19-6
• Samurai Aikijutsu; Toshishiro Obata; ISBN 0-946062-18-8

Weiterhin existiert auch von Hatsumi teilweise recht gute Literatur zu Techniken mit Hanbo und anderen Waffen.